表观遗传学是解析生命现象调控机制的重要领域之一，其中蛋白质与DNA的相互作用（如组蛋白修饰、转录因子结合），在很大程度上影响着基因表达的时空特异性，也是连接基因型与表型的重要纽带，广泛参与各类生命活动的调控进程。随着表观基因组学技术不断迭代，2019年开发的CUT&Tag技术凭借原位靶向切割、低样本需求、高灵敏度、低背景噪音等核心优势，可高效解析蛋白质-DNA相互作用，已成为表观基因组学研究的主流技术工具。
什么是CUT&Tag？
CUT&Tag全称Cleavage Under Targets and Tagmentation，是一种新型的蛋白-DNA互作研究技术，可广泛应用于组蛋白修饰、转录因子、染色质重塑蛋白等全基因组结合位点分析，适用于动植物、细胞及组织等多种样本类型。
技术原理
在CUT&Tag实验中，先将细胞（核）固定在刀豆蛋白磁珠（ConA 磁珠）上，加入特异性一抗识别并结合目标蛋白（如转录因子、组蛋白修饰标记），再通过二抗放大信号。抗体复合物与ProteinA/G融合的Tn5转座酶（pAG-Tn5）结合，将转座酶精准定位至目标蛋白结合的DNA区域。Tn5转座酶激活后，对目标蛋白结合的DNA进行片段化切割，同时在切割位点两端添加测序接头，经PCR扩增后即可完成文库制备。
CUT&Tag技术流程图
技术优势
高效简便
无需超声破碎染色质，实验流程从ChIP-seq的3-5天缩短至1-2天，建库一步完成。
低样本量
样本用量显著降低，适配微量组织与珍贵稀缺样本。
高信噪比
背景信号低，特异性结合区域富集度高，减少非特异性结合带来的干扰。
温和反应条件
避免剧烈的染色质破碎和复杂的纯化步骤，更好保留蛋白质-DNA天然相互作用。
植物领域应用场景
- 转录因子调控研究：鉴定转录因子在全基因组的结合位点，解析其对下游基因的转录调控模式，构建关键生物学过程的转录调控网络
- 组蛋白修饰表观调控研究：分析组蛋白修饰（如甲基化、乙酰化等）在染色质上的分布情况，了解组蛋白修饰与基因表达、染色质状态之间的关系。
- 逆境响应与抗病机制研究：挖掘非生物胁迫、生物胁迫下蛋白-DNA互作的动态变化与异常特征，阐明抗逆、抗病的分子调控机理，为作物分子育种、病害绿色防控提供靶点与理论支撑。
- 生长发育研究：解析种子萌发、开花结实、器官形成等不同发育阶段的蛋白-DNA互作动态，揭示生长发育调控的分子基础。
文献案例
CUT&Tag技术在棉花盐胁迫下H3K27me3表观调控研究中的应用
文献题目：H3K27me3-mediated chromatin remodeling governs salt tolerance in cotton via Na+/K+ homeostasis modulation
核心研究结果：
本研究通过CUT&Tag技术解析了盐胁迫下棉花根系H3K27me3的全基因组分布特征，发现盐胁迫会显著降低该组蛋白修饰水平，并结合RNA-seq数据筛选出36个表达量与H3K27me3修饰水平呈负相关的基因。结合后续实验，进一步锁定GhNCED3、GhTIFY9两个关键耐盐基因，并证实其可通过调控活性氧积累与钠钾离子平衡正向增强棉花耐盐能力。
该研究依托CUT&Tag精准揭示了H3K27me3介导的表观调控网络，填补棉花盐胁迫表观机制空白，为耐盐棉花分子育种提供关键靶标与理论依据。
图1. 对照与盐处理条件下棉花根系H3K27me3的特征。（A）对照（Mock）与盐处理下根系组织H3K27me3富集水平的Westernblot分析。（B）H3K27me3相对灰度值。（C）CUT&Tag实验中对照与盐处理根系检测到的峰数。（D、E）对照（D）与盐处理（E）根系H3K27me3峰的基因组分布，展示峰在启动子、基因区、基因间区及其他基因组元件中的占比。（F）对照与盐处理根系H3K27me3的全基因组覆盖度。（G）对照与盐处理根系中H3K27me3在所有棉花基因上的分布（基因体上游3kb至下游3kb）。
图2. 盐胁迫对盐响应基因H3K27me3修饰及表达水平的影响。（A）对照与盐处理根系中GhNCED3的H3K27me3修饰图谱。（B）对照与盐处理根系中GhTIFY9的H3K27me3修饰图谱。（C）采用CUT&Tag-qPCR检测GhNCED3与GhTIFY9的H3K27me3水平。（D）采用RNA-seq与qRT-PCR分析GhNCED3和GhTIFY9的表达水平。