近期《Developmental Cell》发表了一篇“Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett’s Esophagus to adenocarcinoma”，这篇研究中，一个非常重要的观察是：从Barrett化生阶段开始，组织中就出现了PXDN、F3、POSTN表达的成纤维细胞亚群，这些细胞具有类似癌相关成纤维细胞的分子特征，并且与TGF-β相关ECM调节程序有关。研究者还通过ECM富集蛋白质组发现POSTN等蛋白变化，并进一步追踪其细胞来源。也就是说，scRNA-seq提供了CAF样细胞的转录线索，而蛋白质组和PCF(CODEX)则进一步把这些线索连接到组织结构、ECM改变和空间社区。
这类问题为什么不一定先做空间转录组？原因在于CAF研究常常已经有明确的蛋白或功能标志物，例如POSTN、FAP、α-SMA、COL1A1、PDPN、CXCL12、TGF-β相关分子、ECM重塑相关蛋白等。空间转录组可以显示这些基因的空间表达趋势，但CAF的功能解释往往需要蛋白层信息和细胞邻域信息。例如，POSTN蛋白是否富集在间质区，是否与Treg、NK细胞、浆细胞或内皮细胞构成特定局部结构，是否与上皮转化区域相邻，这些都是PCF更擅长回答的组织原位问题。
PCF可以将单细胞测序中的CAF亚群结果直接转化为抗体Panel，并在FFPE切片中同时观察上皮、基质、内皮和免疫细胞。文献中的PCF(CODEX)分析识别了24种细胞邻域和10类空间社区，提示组织进展不是单个细胞群的孤立变化，而是上皮—基质—免疫结构共同重排。若以PCF设计后续研究，可围绕“POSTN+ CAF在哪里出现”、“CAF与免疫抑制相关细胞是否邻近”、“基质社区是否与上皮状态变化相关”等问题展开，而不只是看CAF marker的整体表达量。
因此，在CAF和基质微环境研究中，单细胞测序之后做PCF的价值非常明确：单细胞负责提出细胞亚群和marker，PCF负责将这些亚群带回组织原位，观察它们的蛋白状态和空间关系。空间转录组仍可用于探索更大范围的基因空间格局，但在“CAF标志物明确、关注蛋白功能状态、需要解释组织微环境结构”的课题中，PCF往往可以更直接地承接scRNA-seq结果，形成更适合组织微环境观察的研究闭环。
【本文说明】
本文仅为科研技术方法介绍，不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献，相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核，不构成任何医疗意见。
【参考文献】
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