保姆级教空间转录组分析| 01. 绪论
01.绪论
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《空间转录组保姆级教程》——绪论
PPT缩略图
一、Why：为什么要学习空间转录组分析
单细胞测序只能解析细胞类型与基因表达，却丢失了关键的组织空间位置信息，无法还原真实的组织微环境与生物学过程。而细胞的功能、互作及疾病病变均依赖空间结构，空间转录组可完美弥补这一短板，实现原位基因表达解析，是当下发育、肿瘤、免疫等方向高分科研、课题研究的核心刚需技术。
二、What：什么是空间转录组
空间转录组是融合组织形态成像与转录组测序的前沿技术，核心优势是保留组织原位空间信息。区别于bulk测序、单细胞测序的技术缺陷，它可以在完整组织切片上精准量化不同位置的基因表达，构建空间表达图谱，实现从单纯基因定量到“形态+位置+表达”原位解析的科研升级。
三、Way：如何实现空间转录组数据分析
空间转录组分析核心是整合形态、位置、基因表达三大数据，整套流程规范完整，分为三层逻辑：一是数据预处理与质控，清洗优化原始数据；二是基础核心分析，完成空间聚类、差异基因筛选、组织功能分区；三是高级深度挖掘，结合单细胞数据解构细胞组成，分析空间调控与细胞互作机制，落地生物学机制研究。
空间转录组Seurat分析手册
1、课程简介
生信基地希望能够给大家提供系统性、形成性、规范性的生信教学。继《手把手教你做单细胞》之后，我们正式推出第二个系列：《空间转录组保姆级教程》，本系列视频将为大家提供空间转录组测序数据分析的完备方案，本次内容基于Seurat、Giotto等进行空转数据分析的理论与实操的教学，最大限度的让我们学习R语言单细胞的用户能够快速的迁移学习空转分析。课程内容将持续更新(基于Gitto的教程已制作啦~)。已更新视频可在全平台观看，获取方式如下：
B站（已更新10集）：https://www.bilibili.com/video/BV181wezqEgK/
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2、空间转录组介绍
空间转录组（Spatial Transcriptomics, ST）是在保留组织原位空间位置的前提下，同时获取全基因组基因表达信息的技术，解决了传统 bulk 测序丢失异质性、单细胞测序丢失空间位置的痛点，还具有解析组织微环境中细胞互作机制离的核心优势。这一技术出现为高通量测序加上了空间的坐标信息，这是一场新的革命，为神经科学、发育学、植物学、病理学等领域提供了强有力的研究手段。我们在2023订阅、2024龙年订阅、2025订阅也更新不少关于空转的内容，现除了提供资料还手把手教大家学会空间转录组。
资料&课表
学习资料图片集锦：
本次课程的学习资料可以联系客服Biomamba_zhushou领取：
空间转录组保姆级教程内容：
1. 空间转录组绪论
2. Visium介绍
3. Seurat空间转录组分析手册（Visium为例）
3.1 Seurat简介
3.2 10X Visium分析流程演示
3.2.1 数据结构与读取
3.2.1.1 Seurat测试数据下载
3.2.1.2 数据结构
3.2.1.3 一键抓取
3.2.2 基础分析
3.2.2.1 标准化
3.2.2.2 基因表达量可视化
3.2.2.3 降维、聚类、可视化
3.2.2.4 交互式可视化
3.2.2.5 计算空间高变基因
3.2.2.6 取出特定的解剖学区域
3.2.3 整合分析
3.2.3.1 单细胞数据的整合
3.2.3.2 多玻片空转数据处理
4. 更多空间转录组教程
5. 欢迎致谢
本推送教程、测试文件下载链接：
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