生信分析 ProtMamba（现在生信最热的Mamba蛋白模型） *Mamba时序模型（替代Transformer）

生信Mamba / ProtMamba，分两类：AI蛋白大模型（ProtMamba）、另有MemBrain膜蛋白预测软件**（容易混写成memba）。

一、ProtMamba（现在生信最热的Mamba蛋白模型）

1. 是什么

基于Mamba时序模型（替代Transformer）的蛋白质语言大模型（Protein LLM），2025年发在Bioinformatics牛津期刊。

• 不用多序列比对(MSA)、无注意力机制，超长蛋白序列算力远优于ESM、ProtBERT；
• 支持超长上下文，一次读成百上千条同源蛋白序列。

2. 核心用途（生信常用）

1. 蛋白序列生成、蛋白从头设计（新药靶点蛋白改造）
2. 突变适应性预测：单点突变→蛋白稳定性/功能好坏打分
3. 蛋白无序区、结构、保守基序预测
4. 同源蛋白补全、空缺氨基酸修复（FIM填充）

3. 衍生：BioMamba

国内生信团队开发的基因组/转录组Mamba模型，用于基因表达、变异、单细胞测序数据分析。

二、MemBrain（上海交大膜蛋白预测工具，极易被错读memba）

1. 是什么

老牌在线工具，**专门预测跨膜蛋白（膜蛋白）**跨膜螺旋区、残基接触、蛋白可及表面积。

• 网址：https://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/MemBrain/
• 分两个版本：
  • MemBrain：α螺旋跨膜蛋白（细胞膜受体、离子通道）
  • MemBrain-TMB：β桶型跨膜蛋白（细菌外膜蛋白）

2. 用途

输入氨基酸序列 → 输出：哪段氨基酸嵌在细胞膜上（跨膜区），药物靶点筛选必备。

三、补充：容易混淆的另外两个

1. MEME：保守基序查找（motif），找基因/蛋白保守功能片段，和Mamba无关；
2. bwa mem：测序reads基因组比对（二代测序比对命令），bwa mem是比对算法名。

快速区分

• 做AI蛋白大模型、序列设计 → ProtMamba
• 预测膜蛋白跨膜区 → MemBrain

需要我补充安装/使用命令吗？